《The Colour of Shadows》接續第一集的故事內容，丹尼在表弟湯姆的陪伴下，終於找到了《暴風之書》的下落，並運用書本的力量奪走了專門騙奪人類靈魂的黑暗使者薩麥爾美麗的外衣，順利的救回了摯愛的父母。然而，丹尼不知道的是，表弟湯姆為了獲得更多大自然的秘密，竟然拿自己的靈魂與薩麥爾做交易。
在丹尼的生活即將步入正軌之際，表弟湯姆卻離奇的失蹤，沒有人知道他的下落。這時學校裡來了一位轉學生凱西(Cath)，成為了丹尼的好友。凱西相當熱愛各種小動物，卻鮮少提起自己的家人，她將一隻小野兔巴辛(Barshin)視作唯一的家人。通曉動物語言的丹尼，再一次與巴辛的對談之中無意間得知，表弟湯姆將靈魂賣給了薩麥爾，失去靈魂的他只能四處遊蕩，尋找活下去的方法。
丹尼與凱西決定找回湯姆的靈魂，在巴辛的指引下找到了薩麥爾的藏身之所──一個介於地球及天堂之間的地方。在這片土地上，萬物會依據不同人的視野，呈現出不同的色彩。在丹尼的眼中萬物閃著刺亮的光芒，讓他彷彿瞎了眼一般。好在凱西能夠協助丹尼導航，凱西的人生艱苦又灰暗，因此她所看見的世界，呈現著一片灰濛濛的顏色。
凱西與丹尼發現，失去外衣的薩麥爾正用他的靴子，努力的將這片土地上的奇異色彩，混入人類的世界之中，企圖製造混亂。幾經波折，丹尼成功奪取了薩麥爾的靴子，成功的阻止了他邪惡的計謀。然而，盛怒之下的薩麥爾點起了大火，燒死了湯姆的靈魂。
丹尼僅能將湯姆的形象保留在記憶之中，透過心中的回憶讓湯姆長存於人世間。
