十九世紀中葉的歐洲，人們對毒藥、香水和醫藥仍是一知半解，認為它們是一種既神秘高深又不外傳授的技術。一個擁有這些秘技的組織引起連串的謀殺，而小男孩湯馬斯是解開這一切謎團的人選。
湯馬斯的祖母去世後，遺留一個魔法盒給他。這個魔法盒會引領他進入一座魔幻森林，一個像夢境般的花園。在那裡，他遇見祖母的幽靈揭露自己是遭毒死，希望他能找出真凶企圖保護她的花園，同時也要求他到倫敦跟一位藥劑師勞倫斯拜師學藝。湯馬斯在勞倫斯身邊當學徒後，他發現勞倫斯與他祖母屬於同一神秘團體「草藥師協會」的成員，而且他懷疑殺死祖母的兇手就是該團體的一員。
草藥師協會的成員只有七名，每個人都擁有自己栽培的花園，種植各類毒草、香草和草藥，及各自擁有的秘技。他們會為了取得對方的秘密不計手段，就算是殺掉對方也在所不惜，勢必拿到他們手上的魔法盒。湯馬斯的祖母就是這樣遭殺害。他藉由在勞倫斯這裡當學徒之便，有機會接觸到其他成員，暗中調查殺害祖母的真兇。在調查期間，不斷有成員受擊或遇害，湯馬斯的魔法盒也差點被盜，看似每一個人都有嫌疑，但他們又可能會是下一位受害者，一切都陷入膠著。
正當湯馬斯無計可施時，勞倫斯的養女幫助他一起潛入到勞倫斯的毒花園和另一位德國成員的香水花園，讓他們經歷一場置身在稀奇古怪草藥花園的驚險刺激冒險，揭露花草藥師協會的組織和每一花園的秘密，找到謀殺祖母的兇手。是一部揉合藥學、魔法和奇幻的青少年小說。
